Directory tree

➜ sub-0003 tree . ├── label │   ├── aparc.annot.a2009s.ctab │   ├── aparc.annot.ctab │   ├── aparc.annot.DKTatlas.ctab │   ├── BA_exvivo.ctab │   ├── BA_exvivo.thresh.ctab │   ├── lh.aparc.a2009s.annot │   ├── lh.aparc.annot │   ├── lh.aparc.DKTatlas.annot │   ├── lh.BA_exvivo.annot │   ├── lh.BA_exvivo.thresh.annot │   ├── lh.BA1_exvivo.label │   ├── lh.BA1_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA2_exvivo.label │   ├── lh.BA2_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA3a_exvivo.label │   ├── lh.BA3a_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA3b_exvivo.label │   ├── lh.BA3b_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA44_exvivo.label │   ├── lh.BA44_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA45_exvivo.label │   ├── lh.BA45_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA4a_exvivo.label │   ├── lh.BA4a_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA4p_exvivo.label │   ├── lh.BA4p_exvivo.thresh.label │   ├── lh.BA6_exvivo.label │   ├── lh.BA6_exvivo.thresh.label │   ├── lh.cortex.label │   ├── lh.cortex+hipamyg.label │   ├── lh.entorhinal_exvivo.label │   ├── 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│   ├── rh.BA44_exvivo.label │   ├── rh.BA44_exvivo.thresh.label │   ├── rh.BA45_exvivo.label │   ├── rh.BA45_exvivo.thresh.label │   ├── rh.BA4a_exvivo.label │   ├── rh.BA4a_exvivo.thresh.label │   ├── rh.BA4p_exvivo.label │   ├── rh.BA4p_exvivo.thresh.label │   ├── rh.BA6_exvivo.label │   ├── rh.BA6_exvivo.thresh.label │   ├── rh.cortex.label │   ├── rh.cortex+hipamyg.label │   ├── rh.entorhinal_exvivo.label │   ├── rh.entorhinal_exvivo.thresh.label │   ├── rh.FG1.mpm.vpnl.label │   ├── rh.FG2.mpm.vpnl.label │   ├── rh.FG3.mpm.vpnl.label │   ├── rh.FG4.mpm.vpnl.label │   ├── rh.hOc1.mpm.vpnl.label │   ├── rh.hOc2.mpm.vpnl.label │   ├── rh.hOc3v.mpm.vpnl.label │   ├── rh.hOc4v.mpm.vpnl.label │   ├── rh.mpm.vpnl.annot │   ├── rh.MT_exvivo.label │   ├── rh.MT_exvivo.thresh.label │   ├── rh.nofix.cortex.label │   ├── rh.perirhinal_exvivo.label │   ├── rh.perirhinal_exvivo.thresh.label │   ├── rh.V1_exvivo.label │   ├── rh.V1_exvivo.thresh.label │   ├── rh.V2_exvivo.label │   └── rh.V2_exvivo.thresh.label ├── mri │   ├── antsdn.brain.mgz │   ├── aparc.a2009s+aseg.mgz │   ├── aparc.DKTatlas+aseg.mgz │   ├── aparc+aseg.mgz │   ├── aseg.auto_noCCseg.mgz -> synthseg.rca.mgz │   ├── aseg.auto.mgz │   ├── aseg.mgz │   ├── aseg.presurf.hypos.mgz │   ├── aseg.presurf.mgz │   ├── brain.finalsurfs.manedit.mgz │   ├── brain.finalsurfs.mgz │   ├── brain.mgz │   ├── brainmask.mgz │   ├── ctrl_pts.mgz │   ├── entowm.mgz │   ├── filled.auto.mgz │   ├── filled.mgz │   ├── FLAIR.mgz │   ├── FLAIR.norm.mgz │   ├── FLAIR.prenorm.mgz │   ├── lh.pial.distfield.mgz │   ├── lh.ribbon.mgz │   ├── lh.white.distfield.mgz │   ├── mca-dura.mgz │   ├── mri_nu_correct.mni.log │   ├── mrisps.white.mgz │   ├── mrisps.wpa.mgz │   ├── norm.mgz │   ├── nu.mgz │   ├── orig │   │   ├── 001.mgz │   │   └── FLAIRraw.mgz │   ├── orig.mgz │   ├── rawavg.mgz │   ├── rawavg2orig.lta │   ├── rh.pial.distfield.mgz │   ├── rh.ribbon.mgz │   ├── rh.white.distfield.mgz │   ├── ribbon.mgz │   ├── segment.dat │   ├── surface.defects.mgz │   ├── synthseg.rca.mgz │   ├── synthstrip.mgz │   ├── T1.mgz │   ├── talairach.log │   ├── tmp │   ├── transforms │   │   ├── bak │   │   ├── cc_up.lta │   │   ├── FLAIRraw.auto.dat │   │   ├── FLAIRraw.auto.dat.mincost │   │   ├── FLAIRraw.auto.dat.param │   │   ├── FLAIRraw.auto.dat.sum │   │   ├── FLAIRraw.auto.dat~ │   │   ├── FLAIRraw.auto.log │   │   ├── FLAIRraw.auto.lta │   │   ├── FLAIRraw.lta │   │   ├── synthmorph.1.0mm.1.0mm │   │   │   ├── aff.lta │   │   │   ├── log │   │   │   │   └── fs-synthmorph-reg.Y2026.M05.D27.H19.M05.log │   │   │   ├── reg.invol_to_targ.lta │   │   │   ├── reg.invol_to_targ.xfm │   │   │   ├── reg.targ_to_invol.lta │   │   │   ├── test.nii.gz │   │   │   ├── warp.to.mni152.1.0mm.1.0mm.inv.nii.gz │   │   │   └── warp.to.mni152.1.0mm.1.0mm.nii.gz │   │   ├── synthmorph.mni305 │   │   │   ├── aff.lta │   │   │   ├── log │   │   │   │   └── fs-synthmorph-reg.Y2026.M05.D27.H19.M03.log │   │   │   ├── reg.invol_to_targ.lta -> aff.lta │   │   │   └── reg.targ_to_invol.lta │   │   ├── talairach.lta │   │   ├── talairach.xfm │   │   └── talairach.xfm.lta │   ├── vsinus.log │   ├── vsinus.mgz │   ├── wm.asegedit.mgz │   ├── wm.mgz │   ├── wm.seg.mgz │   └── wmparc.mgz ├── scripts │   ├── build-stamp.txt │   ├── defect2seg.log │   ├── lastcall.build-stamp.txt │   ├── log │   │   ├── label-cortex.lh.Y2026.M05.D27.H20.M13.log │   │   └── label-cortex.rh.Y2026.M05.D27.H20.M14.log │   ├── patchdir.txt │   ├── pctsurfcon.log │   ├── pctsurfcon.log.old │   ├── ponscc.cut.log │   ├── recon-all-status.log │   ├── recon-all.cmd │   ├── recon-all.done │   ├── recon-all.env │   ├── recon-all.local-copy │   ├── recon-all.log │   ├── recon-config.yaml │   ├── seg2cc.log │   └── unknown-args.txt ├── stats │   ├── aseg.stats │   ├── brainvol.stats │   ├── entowm.stats │   ├── lh.aparc.a2009s.stats │   ├── lh.aparc.DKTatlas.stats │   ├── lh.aparc.pial.stats │   ├── lh.aparc.stats │   ├── lh.BA_exvivo.stats │   ├── 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├── rh.orig.premesh │   ├── rh.pial -> rh.pial.FLAIR │   ├── rh.pial.FLAIR │   ├── rh.pial.T1 │   ├── rh.qsphere.nofix │   ├── rh.smoothwm │   ├── rh.smoothwm.BE.crv │   ├── rh.smoothwm.C.crv │   ├── rh.smoothwm.FI.crv │   ├── rh.smoothwm.H.crv │   ├── rh.smoothwm.K.crv │   ├── rh.smoothwm.K1.crv │   ├── rh.smoothwm.K2.crv │   ├── rh.smoothwm.nofix │   ├── rh.smoothwm.S.crv │   ├── rh.sphere │   ├── rh.sphere.reg │   ├── rh.sulc │   ├── rh.thickness │   ├── rh.volume │   ├── rh.w-g.pct.mgh │   ├── rh.white │   ├── rh.white.H -> rh.white.preaparc.H │   ├── rh.white.K -> rh.white.preaparc.K │   ├── rh.white.preaparc │   ├── rh.white.preaparc.H │   └── rh.white.preaparc.K ├── tmp ├── touch │   ├── apas2aseg.touch │   ├── asegmerge.touch │   ├── ca_normalize.touch │   ├── conform.touch │   ├── cortical_ribbon.touch │   ├── em_register.touch │   ├── fill.touch │   ├── inorm1.touch │   ├── inorm2.touch │   ├── lh.aparc.touch │   ├── lh.aparc2.touch │   ├── lh.aparcstats.touch │   ├── 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